I due fratelli idraulici Mario e Luigi, durante il tentativo di riparare una tubatura sotterranea, si ritrovano catapultati in un universo magico, attraverso un misterioso condotto. Finiscono per separarsi, e Mario intraprende una frenetica avventura alla ricerca del fratello perduto. Fortunatamente nella sua missione può contare sull'amicizia di Toad, abitante del Regno dei Funghi, e sui saggi consigli della determinata guerriera Principessa Peach, alle prese con l'imminente invasione del cattivissimo Bowser. Apprese le tecniche di combattimento da Peach, Mario dovrà fare appello a tutte le sue forze non solo per ritrovare Luigi, ma anche per fermare l'attacco di Bowser, magari trovando altri alleati lungo la strada...